Étudiants

Étudiants au post-doctorat

ADRIEN BARTON
Post-doctorat – Université de Sherbrooke

Thèse/projet
Ontologie de la médecine.

Description du projet
Je travaille au développement d’ontologies médicales et de théories formelles soutenant les projets du GRIIS. Je participe ainsi au développement de l’ontologie des prescriptions de médicaments PDRO, au développement de théories ontologiques de la causalité (via la notion de disposition), des probabilités et du risque, et j’analyse l’articulation entre ontologies et bases de données relationnelles temporalisées. Je travaille également à l’examen du rôle de la métaphysique dans le développement d’ontologies appliquées, et participe à des travaux d’analyse éthique du consentement à l’utilisation secondaire des données cliniques à des fins de recherche.

Date de début du stage postdoctoral : 2015

Superviseur
Dr Jean-François Éthier


THIBAUD ECAROT
Post-doctorat – Université de Sherbrooke

Thèse/projet
Sécurisation de PARS3.

Description du projet
La plateforme apprenante pour la recherche en santé et services sociaux (PARS3) se présente à ses utilisateurs comme un système d’information distribué et réparti donnant accès à de multiples sources de données hétérogènes. Ces sources et les données qu’elles hébergent se trouvent donc dépendantes de la sécurité globale des outils et des protocoles utilisés par PARS3. Dans ce contexte, je participe à la conception et au développement d’outils et d’algorithmes permettant d’assurer l’anonymisation des informations personnelles ainsi que la confidentialité, la sécurité et le contrôle d’accès des données traitées par les systèmes informatiques utilisés ou développés par le GRIIS.

Date de début du stage postdoctoral : 2018

Superviseurs
Pr Luc Lavoie
Dr Jean-François Éthier


Étudiants au doctorat

CHRISTINA KHNAISSER
Ph.D en informatique – Université de Sherbrooke
Doctorat en santé publique – Université de Paris Descartes

Thèse/projet
Méthode de construction d’un entrepôt de données historicisées fondée sur un modèle de connaissances.


Description du projet

Les systèmes informationnels sont désormais au centre des décisions en santé. Un très grand volume de données associées à des évènements interreliés temporellement est généré chaque jour. Les établissements de santé désirent réutiliser ces données pour différents types d’analyse et les partager d’une façon exploitable. L’efficacité des études cliniques dépend de la quantité et de la qualité des données recueillies. D’une part, l’extraction des informations d’intérêt à des fins d’études demeure un grand défi au vu du grand nombre de sources hétérogènes et des connaissances diversifiées. D’autre part, la temporalisation est devenue un enjeu crucial afin de garder les traces de l’évolution des données et d’améliorer la prise de décision clinique. L’approche préconisée consiste à construire un entrepôt de données (ED) en se basant sur un modèle de connaissance (ontologie) pour faciliter l’intégration des sources, l’extraction des informations et l’expression des requêtes. La construction d’un ED demeure en grande partie manuelle. Les méthodes existantes sont basées sur des règles ad hoc avec un minimum de gestion de la temporalisation ce qui limite l’interopérabilité temporelle et donc à l’exploitation de données. Le but est d’élaborer une méthode semi-automatisée de construction d’ED temporalisées à partir d’un modèle de connaissance et d’un modèle temporel unifié construits selon des critères fondamentaux tels que la théorie relationnelle et les ontologies réalistes.

Date de début du diplôme : 2016

Superviseurs
Pr Anita Burgun
Pr Luc Lavoie
Dr Jean-François Éthier


PATRICK ANDJASUBU BUNGAMA
Doctorat en informatique – Université de Sherbrooke

Thèse/projet
Proposition d’un moteur relationnel-temporel gouverné par la logique des intervalles.


Description du projet
Le concept de temps gagne de plus en plus une grande importance dans les bases de données liées aux domaines de la santé, des finances ou encore environnemental. Les attributs représentant les dimensions temporelles sont utilisés pour assurer l’historicisation des données et aussi pour conserver leur traçabilité. Le temps peut être représenté par un point, lorsqu’un événement se produit à un certain moment précis, ou par un intervalle, lorsqu’un événement se tient sur une période.

Les attributs temporels peuvent être utilisé comme de clés, et peuvent aussi être associés à d’autres attributs pour former des clés composites. Leur introduction dans des relations peut induire aux problèmes diverses, tels que la redondance, circonlocution, contradiction et non-compacité de données, de manière rendre la gestion des données beaucoup plus complexe. La complexité s’accroît davantage lorsque les modèles de données conventionnelles (non temporels) sont utilisés et les langages de requête. Le grand défi actuellement est le développement d’un engin relationnel permettant l’exécution efficiente des opérations sur des schémas historicisés.

Un problème particulier surgit lorsqu’un attribut de type intervalle intervient dans une clé (candidate ou référentielle). L’utilisation des opérateurs relationnels est très complexe dans ce contexte. Plusieurs avancées théoriques ont été proposées, mais il reste tout de même à trouver une bonne représentation et de bonnes structures d’indexation de données (ainsi que de bons algorithmes) pour les rendre efficients en pratique.

Mon projet de doctorat s’inscrit dans ce sens et a pour but de proposer une solution pouvant rendre les opérateurs relationnels performants en présence des attributs intervalles qui interviennent dans une clé (candidate ou référentielle). Les principaux volets de mon projet sont:

– L’optimisation des opérateurs existants,

– La proposition d’une structure d’indexation des intervalles,

– La proposition des algorithmes pour la manipulation des intervalles sur la structure d’indexation qui sera proposée.

Date de début du diplôme : 2017

Superviseurs
Pr Luc Lavoie
Dr Jean-François Éthier


Étudiants en maîtrise

MEHRI ALSADAT AMIRI
Maîtrise en génie logiciel – Université de Sherbrooke

Thèse/projet
Comparaison des requêtes.

Description du projet
Les requêtes se comparent de manière syntaxique, grammaticale, relationnelle, puis les résultats sont comparés.

Date de début du diplôme : 2016

Superviseur
Pr Luc Lavoie


RYEYAN TASEEN
Maîtrise en sciences informatique – Université de Sherbrooke

Thèse/projet
Évaluation et application du modèle « Hospital-patient-One-year Mortality Risk » (HOMR) pour motiver des discussions sur les objectifs de soins.

Description du projet
La première phase consiste à évaluer la performance du modèle HOMR avec les données disponibles aux systèmes informatiques au moment d’une admission au CHUS. Ces résultats informent l’intervention de la deuxième phase, qui vise à implanter un système d’alerte pour un risque de mortalité élevé puis à évaluer l’impact de ces alertes sur la documentation des niveaux de soins.

Date de début du diplôme : 2016

Superviseurs
Pr Luc Lavoie
Dr Jean-François Éthier


OLIVIER GRENIER
Maîtrise en philosophie de type recherche, spécialisation en ontologie appliquée – Université de Sherbrooke

Thèse/projet
Ontologie du risque médical.

Description du projet
Ma recherche vise à proposer une conception du risque qui s’intègre tant dans la discussion philosophique sur le risque que dans les travaux en ontologies biomédicales, notamment ceux de la OBO Foundry.

Date de début du diplôme : 2017

Superviseurs
Adrien Barton
Pr François Claveau


SAMUEL DUSSAULT
Maîtrise en sciences informatique – Université de Sherbrooke

Thèse/projet
Guidage et automatisation de correspondance entre un schéma de données ontologiques et une source de donnée relationnelle.

Description du projet
Établir un modèle de correspondance bidirectionnel entre une source de données partenaires au projet PARS3 et un modèle relationnel ontologique généré par OntoRelA ainsi qu’à élaborer des algorithmes de guidages et des automatismes qui permettront à un utilisateur de générer efficacement une interface fiable entre ceux-ci. C’est cette interface qui sera utilisée par les médiateurs de données (MD) lors de la récupération des sources.

Date de début du diplôme : 2018

Superviseurs
Pr Luc Lavoie
Dr Jean-François Ethier


MAXIME ROUTHIER
Maîtrise en génie logiciel – Université de Sherbrooke

Thèse/projet
À déterminer.

Description du projet
À venir.

Date de début du diplôme : 2018

Superviseurs
Pr Luc Lavoie
Dr Jean-François Ethier


ABDOUL WAHAB TOURÉ
Maîtrise en génie logiciel – Université de Sherbrooke

Thèse/projet
À déterminer.

Description du projet
À venir.

Date de début du diplôme : 2018

Superviseurs
Pr Luc Lavoie
Dr Jean-François Ethier


PAUL FABRY
Maîtrise en génie logiciel – Université de Sherbrooke

Thèse/projet
Ontologies des données cliniques.

Description du projet
La plateforme apprenante pour la recherche en santé et services sociaux (PARS3) a comme partenaires de nombreuses sources de données cliniques. L’exploitation de ces données est rendue difficile par leur grande hétérogénéité. Dans ce contexte, je participe au développement d’ontologies des données cliniques dont l’objectif est de faciliter le regroupement de données cliniquement similaires, mais de formats ou de structures différentes.

Date de début du diplôme : 2018

Superviseurs
Pr Luc Lavoie
Dr Jean-François Ethier


Étudiants stagiaires

INFORMATIQUE
Charles Beaudette
Marc Dupuis

DROIT
Jérémie Bernier