Améliorer l’échange de l’information médicale grâce aux ontologies appliquées

Dans le cadre du Open Biological and Biomedical Ontology (OBO) Foundry,  le GRIIS joint ses efforts à ceux d’une communauté internationale  développant des ontologies compatibles les unes avec les autres.

Une ontologie est une représentation rigoureuse d’un domaine de la réalité  (p. ex. le champ médical). Elle utilise un langage compréhensible par l’ordinateur. Cela permet à l’ordinateur d’effectuer du raisonnement de manière automatisée. Au moyen de l’informatique, nous pouvons tester  automatiquement la cohérence logique d’une ontologie ou déduire de  nouvelles connaissances.

Nous développons des ontologies dans le champ biomédical, par exemple une ontologie des ordonnances de médicaments et une ontologie des maladies cardiovasculaires. Ces ontologies sont par la suite appliquées en informatique de la santé.

Les ontologies mettent en relation des données de santé qui sont diverses et  hétérogènes (p. ex. des données d’une clinique et celles d’un hôpital). Grâce aux ontologies, les systèmes informatiques sont capables de communiquer entre eux, bien qu’ils soient construits différemment.

Publications scientifiques connexes

Consultez nos cinq publications les plus récentes en lien avec les ontologies.

Toyoshima F (2021) Roles and their three facets: A foundational perspective. Applied Ontology Preprint:1–32 . https://doi.org/10.3233/AO-210244 Cite
Toyoshima F, Barton A, Ethier J-F (2020) Functional Parthood: A Dispositional Perspective. In: Proceedings of the 6th Joint Ontology Workshops (JOWO 2020). CEUR Workshop Proceedings, Virtual & Bozen-Bolzano, Italy, p 8 Cite Download
Barton A, Toyoshima F, Vieu L, Fabry P, Ethier J-F (2020) The Mereological Structure of Informational Entities. In: Brodaric B, Neuhaus F (eds) Frontiers in Artificial Intelligence and Applications. IOS Press Cite Download
Toyoshima F (2020) Foundations for Ontology of Persistence: Beyond Talk of Temporal Parts. In: Brodaric B, Neuhaus F (eds) Frontiers in Artificial Intelligence and Applications. IOS Press, pp 17–31 Cite
Toyoshima F, Barton A, Grenier O (2020) Foundations for an Ontology of Belief, Desire and Intention. In: Brodaric B, Neuhaus F (eds) Frontiers in Artificial Intelligence and Applications. IOS Press, pp 140–154 Cite
Barton A, Toyoshima F, Ethier J-F (2020) Clinical Documents and Their Parts. In: Hastings J, Loebe F (eds) ICBO|ODLS 2020 International Conference on Biomedical Ontologies 2020. CEUR-WS.org, Bolzano (virtual event), Italy, p A.1-11 Cite Download
Fabry P, Barton A, Ethier J-F (2020) An Ontological Representation of Sex and Gender Information. In: Hastings J, Loebe F (eds) ICBO|ODLS 2020 International Conference on Biomedical Ontologies 2020. CEUR-WS.org, Bolzano, Italy, p O.1-5 Cite Download
Fabry P, Barton A, Ethier J-F (2020) QUESTO – An ontology for questionnaire. In: ICBO|ODLS 2020 International Conference on Biomedical Ontologies 2020. CEUR-WS.org, Bolzano, Italy, p B.1-12 Cite Download
Barton A (2020) L'ontologie appliquée : un dialogue entre métaphysique analytique et traitement de l'information. In: Lacroix A (ed) La philosophie pratique : un passage obligé pour penser la société. Presses de l'Université Laval, pp 87–108 Cite
Barton A, Toyoshima F, Ethier J-F (2020) Approaching Roles with Affordances. In: Proceedings of the Joint Ontology Workshops. CEUR Workshop Proceedings, Virtual & Bozen-Bolzano, Italy, p 14 Cite Download
Toyoshima F, Barton A (2019) Linking image schemas with affordances: An ontological approach. In: Barton A, Seppälä S, Porello D (eds) Proceedings of the 5th Joint Ontology Workshops (JOWO 2019). CEUR Workshop Proceedings, Graz, Austria, pp 1–9 Cite
Barton A, Seppälä S, Porello D (2019) Proceedings of the Joint Ontology Workshops 2019 - Episode V: The Styrian Autumn of Ontology. In: JOWO 2019 The Joint Ontology Workshops. CEUR Workshop Proceedings, Graz, Autriche Cite
Khnaisser C, Lavoie L, Fraikin B, Barton A, Burgun A, Ethier J-F (2019) Advanced ontology-driven relational database generation for heterogeneous data : Ontorelα. Journal on Data Semantics (JODS) [Submitted 2019-09-20] Cite
Khnaisser C, Looten V, Lavoie L, Ethier J-F, Burgun A (2019) Combining ontology and temporal databases for data reuse: the example of hospital organizational structures. International Journal of Medical Informatics (IJMI) [To be publised] Cite
Khnaisser C, Lavoie L, Fraikin B, Barton A, Burgun A, Ethier J-F (2019) Generating a relational database for heterogeneous data using an ontology Cite Download
Fabry P, Barton A, Ethier J-F (2019) LABO: an ontology for laboratory test prescription and reporting Cite Download Download
Barton A, Duncan W, Toyoshima F, Ethier J-F (2018) First steps towards an ontology of belief. In: The Joint Ontology Workshops JOWO 2018. Cape Town, Afrique du Sud Cite Download
Barton A, Grenier O, Ethier J-F (2018) The identity and mereology of pathological dispositions. In: Jaiswal P, Cooper L, Haendel MA, Mungall CJ (eds) Proceedings of the 9th International Conference on Biological Ontology (ICBO 2018). CEUR Workshop Proceedings, Corvallis, Oregon, États-Unis, pp 1–6 Cite
Ethier J-F (2018) Quelles ontologies pour un système de santé apprenant ?​ Cite Download
Bibault J-E, Zapletal E, Rance B, Giraud P, Burgun A (2018) Labeling for Big Data in radiation oncology: The Radiation Oncology Structures  ontology. PLoS One 13:e0191263 . https://doi.org/10.1371/journal.pone.0191263 Cite
Barton A, Grenier O, Jansen L, Ethier J-F (2018) The identity of dispositions. In: Borgo S, Hitzler P, Kutz O (eds) Formal Ontology in Information Systems. Proceedings of the 10th International Conference (FOIS 2018). IOS Press, Cape Town, Afrique du Sud, pp 113–126 Cite Download Download
Barton A, Jansen L, Ethier J-F (2018) A taxonomy of disposition-parthood. In: Galton A, Neuhaus F (eds) Proceedings of the Joint Ontology Workshops 2017, CEUR Workshop proceedings. CEUR Workshop Proceedings, Bolzano, Italie, pp 1–10 Cite Download
Khnaisser C, Lavoie L, Burgun A, Ethier J-F (2018) Generating relational database using ontology review : Issues, challenges and trends. International Journal of Advanced Computer Science and Applications (IJACSA) 9: . https://doi.org/10.14569/IJACSA.2018.090620 Cite Download
Ethier J-F, Barton A, Taseen R (2018) An ontological analysis of drug prescriptions. Applied Ontology 13:273–294 . https://doi.org/10.3233/AO-180202 Cite Download
Barton A, Jansen L, Rosier A, Ethier J-F (2018) What is a risk? A formal representation of risk of stroke for people with atrial fibrillation. In: Proceedings of the 8th International Conference on Biomedical Ontology. Newcastle, UK, pp 1–6 Cite Download
Goodbrand JA, Hughes LD, Cochrane L, Donnan PT, McGilchrist MM, Frost H, McMurdo MET, Witham MD (2017) Association between bisphosphonate therapy and outcomes from rehabilitation in older people. Arch Gerontol Geriatr 70:195–200 . https://doi.org/10.1016/j.archger.2017.01.017 Cite Download
Barton A, Khnaisser C, Lavoie L, Ethier J-F (2017) Ambiguities in medical bitemporalized relational databases: A referent tracking view. In: Proceedings of the Joint Ontology Workshops 2017, CEUR Workshop proceedings. Boeker, M., Herre, H., Jansen, L., Loebe, F., & Shober, D., Bolzano, Italie, pp 1–5 Cite Download
Barton A (2017) L’ontologie est-elle une science? In: Silberstein M (ed) Qu’est-ce que la science... pour vous?, Editions Matériologiques. Paris, pp 21–26 Cite
Khnaisser C, Lavoie L, Diab H, Ethier J-F (2017) Unification des données par les connaissances: méthode de construction d’une entrepôt de données historicisé de santé guidée par les ontologies Cite Download
Barton A, Taseen R, Ethier J-F (2017) PDRO: une ontologie des prescriptions médicales Cite
Barton A, Rosier A (2016) Ontologies appliquées biomédicales et ontologie philosophique : un développement complémentaire. Lato Sensu 3:1–8 Cite
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Rosier A, Mabo P, Temal L, Van Hille P, Dameron O, Deleger L, Grouin C, Zweigenbaum P, Jacques J, Chazard E, Laporte L, Henry C, Burgun A (2016) Remote Monitoring of Cardiac Implantable Devices: Ontology Driven Classification of  the Alerts. Stud Health Technol Inform 221:59–63 Cite
Ethier J-F, Taseen R, Lavoie L, Barton A (2016) Improving the semantics of drug prescriptions with a realist ontology. In: Jaiswal P, Hoehndorf R, Arighi C, Meier A (eds) Proceedings of the Joint International Conference on Biological Ontology and BioCreative. Oregon, États-Unis, p IT603:1-6 Cite Download
Barton A, Ethier J-F (2016) The two ontological faces of velocity. In: Ferrario R, Kuhn W (eds) Formal Ontology in Information Systems. Proceedings of the 9th International Conference (FOIS 2016). IOS Press, Amsterdam, pp 123–136 Cite Download Download
Barton A, Jansen L (2016) A modelling pattern for multi-track dispositions for life-science ontologies. In: Loebe F, Boeker M, Herre H, Jansen L, Schober D (eds) ODLS 2016 - Ontologies and Data in Life Sciences. p H.1-2 Cite Download
Khnaisser C, Lavoie L, Burgun A, Ethier J-F (2016) Méthode de construction d’entrepôts de données temporalissées guidée par les ontologies Cite Download
Barton A, Ethier J-F, Taseen R (2016) Ontologies to support learning health systems Cite
Barton A, Duvauferrier R, Burgun A (2015) Formalization of indicators of diagnostic performance in a realist ontology. In: Proceedings of 6th International Conference on Biomedical Ontology (ICBO-2015). CEUR Workshop Proceedings, pp 63–70 Cite Download
Ethier J-F, Curcin V, Barton A, McGilchrist MM, Bastiaens H, Andreasson A, Rossiter J, Zhao L, Arvanitis TN, Taweel A, Delaney BC, Burgun A (2015) Clinical data integration model: Core interoperability ontology for research using primary care data. Methods Inf Med 54:16–23 . https://doi.org/10.3414/ME13-02-0024 Cite Download
Barton A, Rovetto R, Mizoguchi R (2014) Newtonian forces and causation: a dispositional account. In: Garbacz P, Kutz O (eds) Formal Ontology in Information Systems. Proceedings of the 8th International Conference (FOIS 2014). IOS Press, Amsterdam, pp 157–170 Cite Download
Barton A, Rosier A, Burgun A, Ethier J-F (2014) The cardiovascular disease ontology. In: Proceedings of the 8th conference on Formal Ontology in Information Systems (FOIS). IOS Press, Amsterdam, pp 409–414 Cite Download
Barton A, Rosier A, Burgun A, Ethier J-F (2014) The cardiovascular disease ontology. In: Garbacz P, Kutz O (eds) Formal Ontology in Information Systems. Proceedings of the 8th International Conference (FOIS 2014). IOS Press, Amsterdam, pp 409–414 Cite Download
Barton A, Burgun A, Duvauferrier R (2012) Probability assignments to dispositions in ontologies. In: Donnelly M, Guizzardi G (eds) Proceedings of the 7th International Conference on Formal Ontology in Information Systems (FOIS2012). IOS Press, Amsterdam, pp 3–14 Cite Download
Masolo C, Barton A (accepté) The identity of property particulars. In: Proceedings of the Joint Ontology Workshops 2019 (JOWO 2019). Graz, Autriche, pp 1–10 Cite
Barton A, Vieu L, Ethier J-F (accepté) Directing actions. In: Proceedings of the Joint Ontology Workshops 2019 (JOWO 2019). Graz, Autriche, pp 1–10 Cite
Barton A, Fabry P, Lavoie L, Ethier J-F (accepté) LABO: An ontology for laboratory test prescription and reporting. In: Proceedings of the Joint Ontology Workshops 2019 (JOWO 2019). Graz, Autriche, pp 1–9 Cite
Barton A, Fabry P, Ethier J-F (accepté) A classification of instructions in drug prescriptions and pharmacist documents. In: Proceedings of the 10th International Conference on Biomedical Ontology (ICBO 2019). Buffalo, New York, USA, pp 1–7 Cite

Ontologies

Prescription of Drugs Ontology (PDRO)

L’ontologie PDRO analyse les types d’instructions contenues dans les ordonnances de médicaments.

L’ontologie PDRO est le sujet d’un article scientifique publié dans la revue Applied Ontology.

Cardiovascular Disease Ontology (CVDO)

L’ontologie CVDO différencie les maladies cardiovasculaires, les troubles sous-jacents et les processus pathologiques qui y sont associés.

Elle se base sur le modèle des maladies que propose l’Ontology for General Medical Science (OGMS).

Clinical Laboratory Test Document Ontology (LABO)

L’ontologie LABO représente les documents qui prescrivent des tests de laboratoire et qui fournissent les résultats de ces tests.

Elle est coordonnée avec des ontologies de l’OBO Foundry comme l’Information Artifact Ontology (IAO) et l’Ontology for Biomedical Investigations (OBI).

Des ontologies libres pour les systèmes de santé apprenants

L’équipe ontologique du GRIIS a publié une dizaine d’ontologies en code source libre. Ces modèles de connaissances alimentent le développement informatique en soutien aux soins et aux systèmes de santé. 

Partenaires

Partenaires principaux

L’Unité de soutien à la Stratégie de recherche axée sur le patient du Québec est rendue possible grâce à une subvention des Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC) ainsi qu’à l’appui du Ministère de la Santé et des Services sociaux du Québec et du Fonds de recherche du Québec — Santé (FRQS) dans le cadre de la Stratégie de recherche axée sur le patient (SRAP) du Canada.

Avec le soutien de

Direction des ontologies appliquées

Jean-François Ethier - GRIIS - Groupe de recherche interdisciplinaire en informatique de la santé

Jean-François Ethier

Cofondateur et codirecteur scientifique du GRIIS
Professeur agrégé en médecine à l’Université de Sherbrooke
Médecin titulaire au CHUS
Directeur de la composante Accès aux données de l’Unité de soutien à la Stratégie de recherche axée sur le patient du Québec

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Adrien Barton - GRIIS

Adrien Barton

Chargé de recherche CNRS à l’Institut de recherche en informatique de Toulouse

Professeur associé au département de philosophie et d’éthique appliquée à l’Université de Sherbrooke

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Publications scientifiques connexes

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